Le Traité du 31 mars 1965 relatif à l’institution et au statut d’une Cour de Justice Benelux est entré en vigueur le 1er janvier 1974. Le siège permanent de la Cour est au Luxembourg, où elle tient audience.
La Cour est une juridiction internationale qui a pour rôle essentiel de promouvoir l'uniformité dans l'application des règles juridiques qui sont communes aux pays du Benelux dans des domaines très variés tels que le droit de la propriété intellectuelle (marques de produits et de services, les dessins et les modèles), l'assurance de la responsabilité civile en matière de véhicules automoteurs, l’astreinte, les visas, le recouvrement des créances fiscales, la protection des oiseaux et l’égalité de traitement fiscal.
Formellement, la Cour n’est pas une institution de l'Union Benelux, dont le Traité constitutif, signé le 3 février 1958, est entré en vigueur le 1er novembre 1960. Les liens institutionnels entre la Cour et l'Union Benelux n'en sont pas moins nombreux. Ainsi, les membres et les greffiers de la Cour sont nommés par le Comité de Ministres de l'Union Benelux.
Il existe en outre un lien temporel entre les deux institutions étant donné que le Traité relatif à la Cour prendra fin en même temps que celui relatif à l’Union Benelux.